18 Nisan 1945’te Diyarbakır’da doğan Ender Ergün, Kuleli Askerî Lisesi’nin ardından İstanbul Üniversitesi Edebiyat Fakültesi’nde öğrenim gördü. Üniversite Korosu’nda Süheyla Altmışdört’ün öğrencisi oldu; konserler yönetti ve koronun üniversiteye bağlanması için çalıştı.
İstanbul Belediye Konservatuvarı’nın beş yıllık eğitimini iki yılda tamamladı. Münir Nureddin Selçuk ve Nevzad Atlığ’la tanışmasının ardından Konservatuvar İcra Heyeti’nde kadrolu, İstanbul Radyosu Klasik Korosu’nda misafir sanatçı olarak çalıştı. Atlığ’ın derslerine asistanlık yaptı; Halil Can ve Sabahattin Volkan’la dinî musiki çalıştı.
Üniversite Korosu, Belediye Konservatuvarı, Kadıköy Halk Eğitim Merkezi ve Devlet Konservatuvarı’nda ders verdi. 1976’da Devlet Klasik Türk Müziği Korosu’na ses sanatçısı olarak geçti; 1978’de müdür, 1985’te şef yardımcısı, 1998’de şef oldu.
1983–2001 arasında İTÜ Türk Musikisi Devlet Konservatuvarı’nda öğretim görevlisiydi. Klasik koro anlayışını benimsedi; stajyerlerin eğitimine katkı sundu. 1996’da F. Salgar ve S. Aytan’la Dede Efendi Besteleri kitabını hazırladı; 25. Yıl / Klâsikler albümlerini yönetti. Türk musikisinin saz ve söz formlarında eserler besteledi. 2006’da emekli oldu.